Transplantacją allogeniczną nazywa się przeszczepienie komórek macierzystych od dawcy. Najczęściej jest nim ktoś z rodzeństwa lub bliskiej rodziny biorcy, ponieważ mają oni zgodność antygenową w układzie HLA (Human Leukocyte Antigens).
Przeszczepienia allogeniczne z krwi pępowinowej dają większe możliwości terapii, ponieważ wymagana zdolność HLA na poziomie jedynie 4 z 6 antygenów, a nie aż 9 z 10, jak w przypadku innych źródeł (szpiku lub krwi obwodowej).
Za pomocą transplantacji allogenicznych można leczyć szereg chorób. Przykładowe wskazania do allogenicznej transplantacji krwi pępowinowej w obrębie rodziny u dzieci to:
U dorosłych jest to ostra białaczka limfoblastyczna, ostra białaczka szpikowa, przewlekła białaczka limfatyczna, przewlekła białaczka szpikowa, niedokrwistość odporna na leczenie, ciężka niedokrwistość aplastyczna i napadowa nocna hemoglobinuria.
Pełne wskazania do leczenia, podobnie jak przy przeszczepieniach autologicznych, określa EBMT.