Transplantacje allogeniczne niespokrewnione to przeszczepienia komórek macierzystych od dawcy zupełnie niespokrewnionego z biorcą. Są one wykonywane, gdy nie ma możliwości pobrania materiału od rodzeństwa lub bliskiej rodziny. Niestety oczekiwanie na tego rodzaju przeszczepienie wiąże się z dużym ryzykiem pogorszenia się stanu zdrowia chorego, ponieważ kluczowym elementem jest dobór dawcy ze zgodnością antygenową, co wymaga czasu. Komórek macierzystych poszukuje się wtedy z publicznych bankach.